马克思主义学院最早可追溯到1987年成立的南通师专政教系，于2011年成立政治学院，2015年成立马克思主义学院(与政治学院合署)，2017年撤销政治学院，正式成立马克思主义学院。2016年以来连续四次入选江苏省高校重点(示范)马克思主义学院。2018年南通大学与南通市委宣传部共建马克思主义学院。2019年以来，连年上榜软科“中国最好学科排名”。马克思主义理论为江苏省重点学科，思想政治教育(师范)本科专业为江苏省特色专业。《毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论》为江苏省精品课程，《宪法学》课程被教育部评为马克思主义理论研究和建设工程“精彩一课”。思想政治理论课教学方法创新为江苏省高校思想政治理论课示范建设点。

  学院现有思想政治教育(师范)本科专业、马克思主义理论一级学科硕士授权点。设有1个系和10个教研室。师资力量雄厚，拥有包括国家哲学社会科学领军人才、中宣部文化名家暨“四个一批”人才、全国优秀社会科学普及专家、省“333工程”人才、省“青蓝工程”骨干教师、省高校优秀青年思想政治理论课教师“领航·扬帆”计划培育人选等教学科研人员近百名。2018年至2024年，获得国家社科基金重大、重点项目、一般项目、青年项目、后期资助项目等国家级项目20余项，获得教育部重大攻关项目、江苏省重大社科基金项目以及省部级项目40余项，在《中国社会科学》《求是》《人民日报》《光明日报》等高水平学术期刊和报刊上发表论文近400篇，并有多篇决策咨询报告获得中央领导批示。